O processo de autoavaliação do PPgCC tem por objetivo realizar a detecção dos pontos fortes e vulnerabilidades do Programa, analisando o relatório de avaliação da CAPES e observando o PDI das instituições participantes. O Programa realiza a sua autoavaliação periodicamente, por meio de formulários e reuniões virtuais ou presenciais, com destaque para a formação discente e produção intelectual gerada pelo PPgCC.
O procedimento de autoavaliação do Programa referente a 2020 ocorreu através de um formulário contendo questões sobre diferentes aspectos do PPgCC: corpo docente (formação, experiência, dedicação), gestão, regimento, evolução, infraestrutura, intercâmbio, inserção social, visibilidade, dentre outros. Esta autoavaliação do Programa pelos docentes gerou informações e perspectivas importantes para o planejamento e ações de curto, médio e longo prazo.
